بر پایه روایت بزرگان، کهن‌ترین مسجد شیعه در پیشاور، مسجد امامیه محله هوده‌گنج دانسته می‌شود. پس از آن، مسجد امامیه محله محمدداد آسیه و سپس مسجد اثناعشری در محله مروی‌ها قرار دارد. جمعیت قدیمی شیعه نیز در همین مناطق سکونت داشت. در گنج و آسیه، شیعیان اهل کشمیر زندگی می‌کردند و در نزدیکی مسجد محله مروی‌ها، فارسی‌زبانان ساکن بودند. گفته می‌شود که این سه مسجد در آغاز کار، به‌عنوان مسجد جامع نیز مورد استفاده قرار می‌گرفتند.

مسجد اثنا عشری، محله مروی‌ها از نظر قدمت و ترتیب، در بین مساجد شیعه پیشاور در جایگاه سوم قرار می‌گیرد. این مسجد از جمله بناهایی است که مربوط به دوره‌ای می‌شود که نادرشاه، پادشاه ایران، برای رفتن به دهلی از پیشاور عبور کرد. در این مسیر، همسرش «پری‌چهره» بیمار شد. چون مقصد نادرشاه دهلی بود و پری‌چهره توان همراهی با نادرشاه را نداشت ازاینرو همسر خود را به ‌منظور درمان، همراه با کنیزانش در عمارت حاکم پیشاور، نواب ناصر خان، ساکن کرد و خود به به طرف دهلی حرکت کرد.

پری‌چهره به دلیل شدت بیماری جان سالم به در نبرد و درگذشت. حاکم پیشاور، نواب ناصر خان، او را در اندرون دروازه کوهاتی، روبه‌روی دربار خود، دفن کرد. این مکان در مرکز پیشاور امروزه نیز با نام مقبره «پری‌چهره» شناخته می‌شود.

وقتی نادرشاه از دهلی بازگشت و از این حادثه آگاه شد، به نواب ناصر خان، حاکم پیشاور، دستور داد تا تحت سرپرستی او، برای پری‌چهره مقبره‌ای ساخته شود و دو دسته از لشکر خود را برای نگهبانی از این مقبره در آنجا مستقر کرد.

افرادی که در این دسته‌های نظامی بودند، در اطراف همان مقبره سکنی گزیدند. چون پری‌چهره همسر پادشاهی شیعه بود و افراد لشکر نادرشاه نیز اکثرشان شیعه بودند، در همان زمان در محل سکونت خود مسجدی بنا کردند و با شیعیان افغان و مردم کشمیر که پیش از آنان به این‌جا آمده بودند، در برگزاری مراسم عزاداری همکاری کردند.

این مسجد تا مدتی به‌عنوان مسجد جامع نیز مورد استفاده قرار می‌گرفت، اما پس از آنکه در کوچه رسالدار مسجد جامع شیعیان ساخته شد، این مسجد همچون مساجد معمولی مورد استفاده قرار گرفت.

از لحاظ قدمت، این مسجد دارای این امتیاز نیز هست که در برهه‌ای از زمان، مدرسه‌ای نیز در آن دایر بود و کتابخانه‌ای کوچک مربوط به منابع مذهبی شیعه نیز وجود داشت. مدرسه اگرچه دیگر دایر نیست، اما شنیده می‌شود که کتابخانه همچنان پابر جاست، با این حال افسوس که کسی از آن بهره نمی‌ برد.

در این مسجد، از دیرباز ختم قرآن در ماه رمضان برگزار می‌شود و برای افطار ها نیز تدارک کامل صورت می‌ گیرد. اعمال نیمه شعبان، اعمال شب بیست و یکم رمضان، و اعمال روز عاشورا نیز در آن انجام می ‌پذیرد. در مسجد اذان به‌صورت منظم گفته می‌شود و مردم محل با جدیت برای اقامه نماز به مسجد می ‌آیند.

در گذشته، در این مسجد آموزش قرائت قرآن نیز انجام می ‌شد و بسیاری از جوانان شیعه از این مسجد قرائت قرآن آموختند و در گردهمایی ‌های ملی و مذهبی، وظیفه تلاوت قرآن کریم را بر عهده می ‌گرفتند.

این مسجد که با سبک قدیمی ساخته شده، تاکنون به همان شکل باقی مانده است. تعمیرات جزئی گهگاه انجام شده، اما بازسازی کامل هنوز صورت نگرفته است.